記載省略のためには、下記の要件を満たす必要があります。
・ 給与支払者と従業員との間での合意に基づき
・ 従業員が扶養控除等申告書の余白に「個人番号については給与支払者に提供済みの個人番号と相違ない」旨を記載
・ 給与支払者において、既に提供を受けている従業員等の個人番号を確認し、確認した旨を扶養控除等申告書に表示
こんな感じで扶養控除申告書に記載があれば、マイナンバーの記載の省略はOKなのではないでしょうか。
これでマイナンバー漏洩リスクが軽減されるわけですが、扶養控除申告書を税務署長から提出を求められた場合には、マイナンバーを付記して提出する必要があります。
まー、調査があって言われた時にぱぱっと従業員のマイナンバーが出せればそれはそれで良い気がしますがどうでしょうか。
また、給与支払者において保有しているマイナンバーは、扶養控除等申告書の保存期間（7年間）は、廃棄又は削除することはできないのでこの点も注意ですね。
参照：
『源泉所得税関係に関するFAQ｜社会保障・税番号制度＜マイナンバー＞について｜国税庁 -
Q1-9 扶養控除等申告書の個人番号欄に「給与支払者に提供済みの個人番号と相違ない」旨の記載をすることで、個人番号の記載に代えることはできますか。』
http://www.nta.go.jp/mynumberinfo/FAQ/gensen_qa.htm#a19 - 平成27年11月7日参照
